17일 스포티비뉴스 취재에 따르면 요한은 지난 16일 사망했다. 향년 28세. 사인은 유족의 뜻에 따라 공개되지 않았다. 

요한의 소속사 KJ뮤직엔터테인먼트는 요한이 지난 16일 사망했다고 알렸다. 소속사 측은 "너무나도 비통하고 안타까운 소식을 전하게 됐다"며 "유가족 분들은 너무나도 가슴 아파하고 있는 상황"이라고 했다. 이어 "유가족 분들께서 요한과 관련된 추측성 및 사망 관련 기사는 자제해 주시길 간곡하게 부탁드리는 바"라고 당부하며 "요한의 마지막 가는 길에 깊은 애도를 표한다"고 안타까워했다. 

지난달 9일에는 라이브 방송을 통해 자신의 심경을 대변한 듯한 책 '누구나 그렇게 서른이 된다'를 소개하기도 했다. 요한은 공감한 구절로 '특별히 열심히 살아온 건 아니지만 특별히 게으르게 살지도 않았는데 남들보다 더 열심히 하지 않았기 때문에 영원히 번데기로 살아야 한다면 그건 좀 억울하다', '주연까지는 바라지 않더라도 엑스트라조차 주어지지 않을 만큼 지난 30년간 연습해온 내 삶이 그리 형편없었던가. 적어도 인생이라는 무대에서는 한 번쯤은 스포트라이트를 받을 권리가 있는데, 그것이 주연이든 행인 1이든 말이야'를 소개했다. 

요한의 안타까운 비보가 전해지면서 일급비밀이 발표한 '낙원'이 재조명되고 있다. 생전 그는 '낙원'이라는 곡이 세상에 알려졌으면 좋겠다는 희망을 표현한 것으로 전해졌다. 특히 낙원은 '오늘은 참 맑다, 네가 참 궁금하다, 네가 없는 하늘 아래 난 그럭저럭 있다'는 가사를 노래하고 있어 팬들의 비통함이 커지고 있다. 팬들은 '나와 함께하는 낙원'을 떠난 이의 행복을 빌어주는 내용의 '낙원' 음원 스트리밍으로 요한을 추모하고 있다. 

요한의 빈소는 서울 신촌 세브란스병원 장례식장에 마련됐다. 발인은 18일 오전 진행되며, 장지는 용인 천주교공원이다.