그러나 금메달을 일군 김경문 감독도 커리어에 오점을 피할 수는 없었다. 3일 NC 다이노스는 "김경문 감독 이후 유영준 단장을 감독 대행으로 정해 남은 시즌을 치른다. 김경문 감독은 구단의 고문으로서 호칭과 예우를 받는다"고 밝혔다. 2011년에 이어 두 번째로 시즌을 완주하지 못했다.

그는 2011년 6월 13일 두산에서 성적 부진을 이유로 사퇴했다. 2011년에는 김광수 수석 코치가 감독 대행을 맡았고, 올해는 유영준 단장이 감독 대행으로 자리를 옮겼다.

김경문 감독은 2004년부터 2010년까지 7시즌 동안 한국시리즈 3번(2005, 2007~2008년)을 포함해 6번이나 두산을 포스트시즌에 올렸다. 2011년에도 두산은 우승 후보로 꼽혔다. 그러나 사퇴를 발표한 6월 13일까지 23승 2무 32패, 승률 0.418로 7위에 그쳤다. 올해는 상황이 더 나쁘다. 20승 39패, 승률 0.339로 9위 롯데와 5.5경기 차 최하위.

차이점이 있다면 잔여 계약 기간이다. 김경문 감독은 2011년까지 두산을 맡게 돼 있었다. NC에서는 2017년 시즌을 앞두고 3년 재계약을 체결했다. 계약이 끝나는 2019년까지 1년 반을 넘게 남겨둔 시점에서 교체됐다. 

NC와 재계약은 2016년 11월 이뤄졌다. 사실 재계약이 어려울 것이라는 예상도 있었다. 이태양이 승부 조작 가담을 인정해 참가 활동 정지 제재를 받았다. 구단과 의사소통 문제가 불거지기도 했다. 구단은 에릭 테임즈의 음주운전 사실을 감독에게 보고하지 않다가 경기 도중 알렸다. 김경문 감독은 "책임을 져야 한다"는 말까지 꺼냈다.

김경문 감독은 구단과 재계약을 마친 뒤 "2011년 이래 창단과 성장을 함께한 팀이다. 어려운 상황도 함께 풀어 나가는 것이 NC 팬에 대한 도리라고 생각한다"고 했다. 하지만 약속을 지키지 못했다. 2011년도 올해도 6월이 그의 커리어에 큰 생채기를 남겼다.