박종훈은 3일 인천SK행복드림구장에서 열리는 2016 타이어뱅크 KBO 리그 한화 이글스와 홈 경기에서 선발투수로 마운드에 올라 5⅔이닝 4피안타 3탈삼진 3실점을 기록했다. 모두 104개의 공을 던졌다. 팀이 1-3으로 뒤져 있던 6회 2사 1, 2루에서 투구를 마친 박종훈은 시즌 첫 패배 위기에 처했다.

1회초부터 흔들렸다. 선두타자 이용구에게 좌익수 키를 넘어가는 2루타를 맞고 하주석은 헛스윙 삼진으로 처리했지만, 정근우에게 좌익선상 적시타를 맞았다. 이어 김태균과 송광민에게 연달아 볼넷을 내줘 1사 만루 위기에 몰렸다. 그러나 윌린 로사리오를 병살 플레이로 막고 이닝을 넘겼다.

2회에는 두 차례 비로 중단되던 가운데 선두타자 이성열에게 볼넷을 내줬으나 큰 위기없이 이닝을 넘겼다. 그러나 3회 1사 3루에서 김태균을 2루수 땅볼로 처리했지만 3루에 있던 하주석에 홈을 밟아 2실점째를 안았고, 4회에는 2사 후 허도환에게 볼넷을 내준 뒤 이용규에게 우중간을 가르는 적시 2루타를 맞아 3실점 했다.

5회 들어 하주석을 헛스윙 삼진, 정근우를 좌익수 뜬공, 김태균을 2루수 직선타로 처리했다. 6회에도 선두타자 송광민을 헛스윙 삼진, 윌린 로사리오를 3루수 땅볼로 잡으며 안정감을 되찾는 듯 보였다. 그러나 이성열을 몸에 맞는 볼, 송주호를 볼넷으로 내보내면서 다시 흔들렸다. 결국 박종훈은 팀이 1-3으로 뒤진 6회 2사 1, 2루에서 김승회에게 마운드를 넘겼다.

박종훈은 올 시즌 앞선 5경기에서 3승(무패), 평균자책점 3.10을 기록했다. 시즌 첫 등판이었던 지난달 3일 kt전에서 6이닝 2실점으로 호투했지만 승리를 챙기지 못했다. 9일 LG전에서는 5⅓이닝 3실점을 기록, 승패없이 물러났다. 그러나 15일 kt전에서 6이닝 3실점으로 퀄리티스타트를 달성하며 시즌 첫 승을 거둔 박종훈은 21일 넥센전(5이닝 2실점), 27일 두산전(6⅔이닝 무실점)까지 3연속 승리를 챙겼다. 

지난 시즌 33경기서 6승8패, 평균자책점 5.19를 기록했던 그는 올 시즌 한층 제구력이 안정됐고, 구위도 좋아졌다는 평가를 받았다.  시즌 6번째 등판이던 이날 한화전에서 4승째를 노렸지만, 강풍을 동반한 비가 내리는 날씨 속에 제구가 흔들리면서 부진했다.