야구 규약 개정과 관련해 KBO 규약 제 81조(계약금) 및 제 82조(간주 계약금) 위반에 대한 제재 조항을 신설하고, 해당 규정을 위반한 구단에 2차 지명 1라운드 지명권 박탈 및 제재금 10억 원을 부과하도록 했으며, 규정 위반 신고 또는 제보자에게 10억 원 이하의 포상금을 지급하기로 했다. 선수 개인에게 지급되는 후원사 협찬금, 수훈 선수 시상 등에 한해서 개막 이전에 각 구단이 KBO에 운영 계획을 제출해 승인 후 시행하기로 하는 등 구체적인 메리트 금지 세칙도 마련하기로 했다.

또한, 해당 연도 소속 선수 가운데 지난해 11월 30일 KBO가 공시한 보류 선수 명단에 포함되지 않은 선수는 공시일로부터 1년간 원 소속 구단과 소속 선수 및 육성 선수로 등록할 수 없도록 했으며, 7월 24일까지 웨이버 공시 신청을 제한한 규정을 정규 시즌 종료일까지 연장하기로 하고, 8월 1일 이후 웨이버에 의해 이적한 선수는 포스트시즌에 출장할 수 없도록 했다.

FA 계약 기간에 원 소속 구단의 우선 협상 기간을 폐지하고 KBO의 FA 승인 공시 후 모든 구단이 동시에 계약 교섭을 할 수 있도록 했으며, FA 보상 선수로 이적한 선수는 20명의 보호 선수 및 보상 선수 명단에서 제외한다.

KBO 리그 규정 개정과 관련해 우천 등으로 연기된 경기는 필요하면 월요일 경기, 더블헤더가 열릴 수 있도록 하고 폭우 예보가 있는 경우 경기운영위원이 홈 구단에 방수포 설치 등 기타 필요한 조치를 내릴 수 있으며, 이에 대한 지시 사항을 위반한 구단은 1000만 원의 제재금을 부과하기로 했다. 또한, 강풍, 폭염 등 현행 규정에 더해 안개 및 미세먼지 주의보가 발령됐을 경우에도 현장의 구장 상태에 따라 경기 취소 여부를 결정할 수 있다.

경기 시작 시간은 현행 규정대로 시행하되 오는 4월 1일 열리는 KBO 리그 개막전은 오후 7시, 4월 2일은 오후 5시, 4월 3일은 오후 2시에 시작한다.

와일드카드 결정전 연장전 시행 세칙과 관련 정규 시즌 5위 팀이 15회 초 공격을 종료한 시점에서 두 팀이 동점일 경우 15회 말을 거행하지 않고, 5위 팀이 리드하고 있는 상황에서 4위 팀의 15회 말 공격 때, 동점 또는 역전이 되는 경우, 아웃 카운트와 상관없이 경기를 종료한다.

퓨처스리그는 3개 리그에서 남부리그(롯데, 삼성, 상무, KIA, kt, 한화)와 북부리그(화성, SK, LG, 두산)로 2개 리그를 운영하고, 팀별 동일 리그 구단간 12차전, 인터리그 구단간 6차전씩 모두 96경기(리그별 324경기, 모두 576경기)를 치른다. 퓨처스리그 경기 출장 자격과 관련해  KBO 또는 구단의 제재로 경기 출장에 제한을 받는 선수와 해외 진출 후 국내 프로 구단에 입단하지 않은 상태에서 상무와 경찰야구단에 입단한 선수는 경기에 출장할 수 없다.

한편, 2016년도 KBO 예산은 242억4,404만 원으로 확정했다.