대종교 측은 9일 보도자료를 통해 "공익적 문화를 선도해야 할 영화제작사가 오히려 특정의 종교관에 심취하여 의도적 모독과 심각한 명예훼손의 자행에 큰 분노와 좌절감과 자괴감을 느낀다"며 이날 서울동부지방검찰청에 명예훼손으로 고소장을 접수했다고 밝혔다. 

대종교 측은 "'사바하'에는 독립운동가이셨던 홍암(弘巖) 나철(羅喆) 대종사의 존영에 배우 정동환이 분장한 사이비 교주 풍사 김제석의 얼굴이 교체 합성돼 있었으며, 그와 관련된 내용은 47분 05~15초, 1시간 16분 33~35초, 1시간 16분 53~56초의 총 3회로 확인된다"고 말했다.

이어 '사바하' 등장인물을 언급하며 "미륵, (정)나한, (김)제석, 사천왕, 단군, 무당, 티벳 등 타 종교의 상징적 요소들은 대체로 극악한 악역들로 분장돼 있고, 주인공인 목사는 그 지옥세계를 구원하는 유일무이한 해결사처럼 열연하고 있으며, 심지어 타 종교에서 '성취'라는 뜻의 용어 '사바하’' 악을 상징하듯 영화제목으로 활용된 점은 진심 개탄스럽다"고 덧붙였다.

대종교는 헌법 제20조에 명시된 '모든 국민은 종교의 자유를 가진다'를 언급하며 "아마도 그러한 이면에는 특정 종교적 세계관으로 '내 생각과 다르면 모두 적 또는 사이비'라는 오해 소지의 배경으로 전개된다"고 입장을 밝혔다.

하지만 이보다 중요한 부분에 대해 "을사오적의 처단 노력, 상해 임시정부의 초석 마련, 개천절의 국경일 창안, 수많은 독립운동가를 배출하여 독립운동의 아버지라 불리는 홍암 나철 대종사의 존영조차 무단 도용하고 폄훼할 정도로 무시했다"고 말했다.

마지막으로 대종교는 "'사바하' 제작사 (주)외유내강에 침통한 유감의 뜻을 표하는 바"라며 "추가로 제기될 유족들의 민-형사 소송과는 별도로 9일에 서울동부지방검찰청에 대종교 명예훼손에 대한 형사 고소를 제기했다"고 덧붙였다. 

해당 논란과 괄관련 '사바하' 측은 "명백한 제작진의 실수다. 죄송하다"고 사과했다. 현재 문제의 장면은 디지털 VOD에서 수정됐다.